מס הרכישה הינו "מס עקיף" בהיותו חל על מחזור ולא על רווח, ומכאן השפעתו השלילית על ביצוע עסקאות נדל"ן. על כך עמדה לאחרונה גם ועדת הערר בעניין אשד איילון (וע 1380/00) תוך ציון שמכך יש לגזור פרשנות מצמצמת ביחס לתחולת מס הרכישה.
בעסקאות בדירות מגורים מס הרכישה הוא המס הנוגע לציבור הרחב ביותר, מאחר שבעוד שמרבית הדירות נמכרות בפטור ממס שבח, הרי שמס הרכישה עשוי לחול בכל מקרה, הכל בתלות בשווי הדירה. מסיבה זו, ובמגמה לפשט ולהקל על רכישת דירות, הופחת בשנים האחרונות (החל מנובמבר 2007) בצורה ניכרת מס הרכישה על דירת מגורים יחידה, תוך קביעת שיעור מס התחלתי של 0% (במקום 0.5%) והרחבה משמעותית של המדרגות. כיום חלה מדרגת מס של 0% לדירת מגורים יחידה עד לסכום של 1,026,660 ₪, כלומר רכישת דירה עד סכום זה נעשית ללא מס רכישה כלל. ביחס לחלק העולה על סכום זה חל שיעור של 3.5% עד לשווי של 1,442,870 ₪ ורק על סכומים מעבר לכך שיעור המס עומד על 5%. הסכומים מתעדכנים בהתאם לשיעור עליית המדד.
חשוב להיות מודעים למספר נקודות בהקשר זה:
המדרגות האמורות חלות רק ביחס לרכישה ע"י יחידים (ולא חברות) שהדירה הנרכשת על ידם הינה דירה יחידה, כהגדרתה בחוק. הדירה לא תיחשב כיחידה אם קודם לרכישה יש ליחיד חלק של 25% או יותר בדירת מגורים (לדוג' מכח ירושה או בכל דרך אחרת) – ובמקרה כזה המדרגה הראשונה תהיה של 3.5% ותתחלף ל – 5% כבר בסכום של 873,500 ₪. 
במקרים שבהם נרכשת דירת מגורים לפני מכירת הקודמת (שהיתה יחידה עד אותו מועד) מאפשר החוק למכור את הקודמת בתוך 24 חודשים ועדיין ליהנות מהמדרגות הנמוכות (במקרה של רכישה מקבלן על המכירה להתבצע תוך 12 חודשים מהמועד האפשרי לקבלת חזקה). 
שאלה מעניינת הינה מה דינו של יחיד שהחלק שיש לו קודם לכן בדירת מגורים אמנם עולה על 25% אבל הוא באותה דירה. לדוג' יחיד שהיה בעל שליש מהזכויות בדירה וכעת רוכש שני שלישים נוספים באותה דירה. ההיגיון מחייב שהיחיד יהיה זכאי למדרגות הנמוכות מאחר שליחיד זכויות רק בדירה אחת. גם רשויות מיסוי מקרקעין מקבלות פרשנות זו ומכירות בכך שבחינת זכויות נוספות העשויות לשלול את המדרגות הנמוכות תיעשה רק אם הזכויות הן בדירה אחרת.
מדרגות המס מתייחסות לדירת מגורים שלמה ולעומת זאת כאשר נרכש חלק מדירה יחולו באופן יחסי. לדוגמה, אדם שרכש מחצית מדירת מגורים תמורת מיליון ₪ לא יזכה ליהנות מהמדרגה של 0% ביחס למלוא הסכום, אלא תילקח בחשבון רק מחצית מהמדרגה. במילים אחרות – יבוצע חישוב ביחס למלוא שווי הדירה (לפי 2 מיליון ₪ בדוג' שלנו), יחושב מס רכישה ביחס למלוא השווי ולאחר מכן יוכפל בחלק שנרכש. לאחרונה, נעשה ניסיון לתקוף שיטת חישוב זו בפני ועדת הערר בעניין שלמה כספי (וע 1026/07) ואולם בפ"ד שניתן בחודש מרס, דחתה הועדה את טענות העורר וקבעה ששיטת החישוב היחסית מעוגנת בתקנות מיסוי מקרקעין וכן בפסיקה מפורשת של ביה"מ העליון בעניין לויט ו- נחמה בר חמה.
נקודה נוספת וחשובה בהקשר זה הינה כי לעניין בדיקת קיומה של דירת מגורים יחידה יראו את הרוכש ואת בן זוגו וילדיהם שטרם מלאו להם 18 שנה כרוכש אחד. נקודה זו מעוררת מחלוקות משפטיות לא פשוטות מקום בו לאחד מבני הזוג דירה מלפני הנישואין ואולם נושא זה חורג ממסגרת הדיון הנוכחי.

[07/06/2009]